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1)使用对象不同。合同常用于经济方面，协议书则更多用于一般工作特别是科学研究方面。
 (2)约束力不同。合同一经（依法）签订，便具有法律效力；协议书除作为补充合同所签订的意见和实际上等于合同的具有法律效力以外，未形成最后正规文本，双方未签字盖章的协议（初稿）并不具有法律效力。
 (3)宽严不同。合同正文中每一条内容，必须具体、明确、完善。尤其是“”，要订得非常严格、准确，以免发生争议纠纷。协议书的不少条款，则可订得原则一些，宽泛一些，允许有一定的机动性。
上述区别，写作时应予注意。应根据事项性质，正确选用合同或者协议书。
协议书的结构与合同相同。
（1)协议书常常是作为正式合同的基础。合同往往不是谈判、协商一次就可签订的，双方常常要经过反复地磋商后，对合同的基本条款才逐步一致、明确。为了肯定初步商谈的结果，双方常先签订协议书，便于进一步洽谈。这时的协议书，内容尚待完整详尽，主要作用在于“备忘”，不具有法律效力。
 (2)协议书有时作为合同的补充。在履行合同中，双方如感到合同有修改补充的必要，可经过洽谈协商，把一致的意见用协议的形式写下来，作为合同补充。这时协议书已成为合同的组成部分，与原合同具有同等的效力。
（3）协议书有时等于合同。对一些难以确定隶属于国家规定的合同种类的事项，双方当事人经过协商，签订了“协议书”，后来也未再签订合同，双方均按“协议书”上的内容履行义务和权利，这时“协议书”实质上就是合同，具有合同的同等效力。