1、 员工直接持股的优缺点
员工直接持股的优点：
（1） 税负最低：限售股转让税率为20%，如按核定征收，税率为股权转让所得的20%*(1-15%)，即17%。如长期持股，限售期内分红所得税率为10%、解禁后分红所得税率为5%，是三种方式中最低的。
员工直接持股的缺点：
（1） 对员工长期持股约束不足：目前国内普遍存在公司上市后，直接持股的员工股东一待限售股解禁即抛售的情况，一些高管甚至为了规避一年内转让股份不得超过年初所持股份25%的约束，在公司上市后不久即辞职，辞职半年后出售全部股份套现。这违背了公司通过员工持股将公司与员工的长远利益捆绑在一起、留住人才的初衷。
（2） 若员工在企业向证监会上报材料后辞职，公司大股东不能回购其股权。
2、 员工通过公司间接持股的优缺点
员工通过员工持股平台公司间接持股的优点：
（1） 相对于员工个人持股，更容易将员工与企业的利益捆绑在一起。在上市之前还可规避因员工流动对公司层面的股权结构进行调整，万一向证监会申报材料之后过会之前发生员工辞职等情况，可通过调整员工持股公司股东出资额的方式解决。
（2） 相对于合伙企业，公司的相关法律法规更健全，未来政策风险较小。
公司间接持股的缺点：
（1） 税负最高：不考虑税收筹划，股权转让税负43.39%，分红税负20%，比员工直接持股和合伙企业间接持股税负都高。但是，如果有合理的税收筹划，实际税负可能会低于员工通过合伙企业持股方式，理论上股权转让实际税负区间为5.65%~43.39%，分红实际税负区间为0~20%。
（2） 由于是通过公司转让限售股，所有股东只能同步转让股权。
3、 员工通过合伙企业间接持股的优缺点
合伙企业间接持股的优点：
（1） 相对于员工个人持股，更容易将员工与企业的利益捆绑在一起，且在公司需要股东做决策时操作更简便，大多数决议只需要普通合伙人做出即可。在上市之前还可规避因员工流动对公司层面的股权结构进行调整，万一在向证监会申报材料之后过会之前发生员工辞职等情况，可通过调整合伙企业合伙人出资的方式解决。
（2） 相比公司制企业，在税收方面有优势，在转让限售股时，营业税及附加税为5.65%，员工缴纳5%~35%（按个体工商户税率缴纳）或20%的所得税（根据不同地区政策而定），加上营业税及附加，合计税负为10.37%~38.67%（按个体工商户税率）或24.52%（部分地区）。但如果税收筹划合理，通过公司持股方式的实际税负可能低于合伙企业，且在实际操作中，公司的纳税时间一般延后，而合伙企业的纳税时间较早。
（3） 由于有限合伙企业的特点，若公司实际控制人担任唯一普通合伙人，可以少量的出资完全控制合伙企业。
合伙企业间接持股的缺点：
（1） 由于是通过合伙企业转让限售股，所有合伙人只能同步转让股权；
（2） 如果按个体工商户税率缴纳个人所得税，边际税率较高（35%）；
目前国内合伙企业的相关法律法规仍不健全，实践中，不同地区关于“先分后税”的解释、纳税时点等方面存在区别，未来面临政策规范的风险。