首先须明确规章制度可以规定涉及劳动者切身利益的重大事项但不完全等同于重大事项，如果涉及劳动者切身利益的事项没有规定在公司规章制度中，则属于其他重大事项。虽然劳动合同法仅规定规章制度违法的后果，但根据法律解释的原则，此处的规章制度当指广义上的规章制度，包括狭义上的规章制度和除此以外的所有重大事项。
规章制度和重大事项违法包括内容违法和程序违法。内容违法系指指规章制度和重大事项的规定和法律的规定相冲突，应属无效，而程序违法则指规章制度和重大事项的制定和实施违反了法律规定的程序要求。规章制度或重大事项的违法后果有三：第一、劳动法定责任，规章制度违反法律、法规的规定损害劳动者权益的，劳动者可以解除劳动合同，用人单位必须支付经济补偿金；第二、行政责任，即由劳动行政部门责令企业改正并给予警告处分；第三、民事赔偿责任，即规章制度违反法律法规的规定给劳动者造成损害的，应承担损害赔偿责任，这种赔偿不是劳动赔偿，系民事赔偿，因此劳动者应当举证证明损失的存在。
根据劳动合同法的规定，制定规章制度和其他重大事项应经过如下程序：交由职工代表大会或全体职工讨论、职工大会提出方案和意见、与工会或职工代表平等协商、公示告知。规章制度对企业来说非常重要，他是企业对员工进行日常管理、员工是否违反劳动纪律、如何实施处罚措施、认定员工是否胜任工作、何种情形为严重违反规章制度可以解除劳动合同。因此规章制度的制定程序及公示方法相当重要，无论是公司员工因为企业规章制度侵害其权益还是公司主张员工违法规章制度的规定，公司必须证明规章制度合法有效并经合法公示。因此公司必须保留规章制度过程中职工代表大会讨论的会议记录、职工代表大会提出的方案和意见的原始凭证及公司作出的书面答复意见、公司和工会或职工代表协商的会议记录，并且所有集体讨论的记录必须经所有参与者签字确认。职工代表大会参加讨论的应提交职工代表合法选举和职工代表大会合法组成的书面材料。规章制度的公示方法一定要具有公开性和可证明性，如经每一员工签字认领、在劳动合同中列示确认、入职培训等。
此外，公司工会和职工对公司的规章制度和重大事项有异议权，如果认为某些规定不适当向公司提出，公司应在一定时间内进行协商并作出书面的答复。
在新法实施前，劳动部《关于<劳动法>若干条文的说明》中规定严重违反劳动纪律的行为可根据国务院《企业职工奖惩条例》和《国营企业辞退违纪职工暂行规定》等有关规定予以认定，因此员工违法劳动纪律可以根据上述条例或规定予以处罚。劳动合同法不在把劳动纪律和规章制度并列对待，而是将劳动纪律归入规章制度规定的事项。因此新法实施后企业对员工进行处罚将无法律依据，对员工的纪律约束主要依靠企业的规章制度。因此规章制度的重要性空前重要起来。如果企业根本没有制定任何规章制度，将对企业人事管理带来极大的困难，在企业对员工违反劳动纪律的行为进行经济处罚时员工可能会主张公司克扣工资要求企业支付50%到100%的赔偿金。如果企业有规章制度但规章制度没有规定劳动纪律的内容，同样不能真正对员工起到约束的作用。
一般而言，企业的规章制度应包括如下内容：公司概况、企业文化、公司组织机构、招聘条件、工作岗位、工作时间和考勤、岗位责任、离职要求、薪酬制度、休假制度、出差补贴、技能培训、保密要求、行为规范、劳动纪律和处罚措施等。规章制度的制定应符合公司的企业文化和行业特征，发挥既能调动员工的积极性和自主创造性，营造一个宽松活跃的工作环境，又能防止培养闲人的双重作用。