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首先，根据《土地管理法》，我国的土地有“三大类”：农用地、建设用地和未利用地。土地性质主要是指这其中的建设用地分类，一般在进行土地登记时，《国有土地使用证》用途一栏中都会登记商业、住宅、工业、办公等分类，这就是土地性质；土地出让金指的是各级政府土地管理部门将土地使用权出让给土地使用者，按规定向受让人收取的土地出让的全部价款(指土地出让的交易总额)，或土地使用期满，土地使用者需要续期而向土地管理部门缴纳的续期土地出让价款，或原通过行政划拨获得土地使用权的土地使用者，将土地使用权有偿转让、出租、抵押、作价入股和投资，按规定补交的土地出让价款，这一部分价款并不是土地的全部价格，不同地区土地出让金收取的比例并不一样。
其次，土地性质和土地出让金有着密切的联系。不同性质的用地有不同的土地使用年限和土地收益。《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二条规定：“土地使用权出让的最高年限按下类用途确定：(一)居住用地七十年；(二)工业用地五十年；(三)教育、科技、文化、卫生、体育用地五十年；(四)商业、旅游、娱乐用地四十年；(五)综合或者其他用地五十年。”土地使用年限直接影响着土地收益年期的长短；另一方面，不同性质的用地土地收益也不一样。一般情况下，商业用途的土地收益最大，住宅其次，工业最低，所以同样面积、相似条件、不同性质的土地，收益的不同使得所缴纳的土地出让金也不一样。
由此可以看出，改变土地用途直接改变了土地的原有收益，使得国有土地收益发生改变，为了维护国家利益，就需要补交由于改变土地性质，所增加土地收益的土地出让金。
读者问题中提出两种补交土地出让金的计算方法：
一种计算方法是按评估价格×门市建筑面积×22％－原用途价格×门市分摊土地面积×22％，其中评估价格把同一时点的出让土地原用途价格扣除；
另一种计算方法是按评估价格×门市建筑面积×22％－出让土地原用途价格×分摊土地面积。
在回答此问题前，笔者要先提出几个问题。
基于以上问题，笔者也很难判断到底哪一种方法更有利于保障国家收益、说服土地使用者，但是从土地估价上来说，对于改变用地性质所要补交的土地出让金，一般应该在当前情况下重新评估土地性质变更前后的价值，补交额应当是当前不同用途土地出让金的差额，具体计算如下：
所需补交出让金＝当前商业用途土地价格×土地面积×出让金缴纳比例－当前住宅用途土地价格×土地面积×出让金缴纳比例
在实际操作中，住宅类用地转为底商的土地性质变更，笔者认为土地面积应是首层总的分摊土地面积，具体到每个门市分摊的土地面积应该按照其门市建筑面积所占首层总建筑面积的比例进行分担，具体公式如下：
每个门市分摊土地面积＝门市建筑面积／首层总建筑面积×首层总的分摊土地面积
因为出让金指的是土地产生的收益，所以笔者认为应该按照每个门市分摊的土地面积进行补交土地出让金，由此得出每个门市所需补交的土地出让金，计算公式如下：
每个门市补交的土地出让金＝当前商业用途土地价格×分摊土地面积×出让金缴纳比例－当前住宅用途土地价格×分摊土地面积×出让金缴纳比例
需要说明的是，改变土地性质所需要补交的土地出让金数额，并不是当前商业用途土地出让金直接减去以前住宅用途的土地出让金，因为货币存在增值或贬值的情况，所以必须对当前土地的商业和住宅用途重新进行评估，然后才能正确、合理的确定需要补交的土地出让金。也就是说，无论土地的性质怎样改变，都必须是当前时点的土地评估价格，所需补交的土地出让金应是当前不同用途土地出让金的差额。
对于文中所提到的“无论楼层高低都不应该改变因变更用途收取政府收益的数额”，由于该建筑楼层已经确定，容积率也不会发生变化，所以首层分摊的土地面积也是已经确定的固定面积，不应该存在由于扣除方法的不同所引起政府收益的不同，除非政府收益按建筑面积或者土地分摊面积分别计算，才会引起政府收益的不同。在这里笔者认为，不应把建筑面积和土地分摊面积混合计算。